Tasks for students

2. Создать свой архив статей по теме аминоацил-тРНК синтетаз и методов вычислительной структурной биологии в формате “год_название_статьи.pdf”.

3. Предоставить результат проделанной работы.

2. Получить координатный файл димера полноразмерной тирозил-тРНК синтетазы.

2.1. Аргументировать выбор программного  пакета или веб-сервера для моделирования.

2.2. Провести поиск и проанализировать структурные шаблоны TyrRS, описав в чем между ними разница.

2.3. Аргументировать выбор отобранной структуры мономера, обратить внимание на корректность интерфейса димеризации.

3.  Выделить  функционально важные участки структуры TyrRS.

4. Предоставить детальный отчет протоколы, структуры PDB.

2. Компьютерное моделирование молекулярной динамики.

2.1. Подготовить файл структуры PDB смоделированного димера полноразмерной тирозил-тРНК синтетазы.

2.1. Подобрать оптимальные параметры подготовительных этапов (GI, EM, PR) и симуляции MD (1 нс по времени).

2.2. Пройти все подготовительные этапы запустить расчет молекулярной динамики. Предложить современные подходы и параметры данных этапов.

3. Провести базовый анализ полученной траектории МД (RMSD, RMSF, GYR, DIST, H-BONDS, ENERGY, DSSP).

4. Предоставить детальный отчет, протоколы, траектории.

*Дополнительное задание. Провести расчеты молекулярной динамики любого белка в комплексе с низкомолекулярным субстратом и проанализировать траекторию на межмолекулярные взаимодействия.

1. Провести обзор литературы по программам молекулярного докинга биополимеров.

2. Провести модекулярный докинг тирозил-аденилата к активному центру тирозил-тРНК синтетазы в программе Autodock или Autodock Vina.

3. Предоставить детальный отчет, протоколы, структуры.